Hola muy buenos días como estas?
Bueno mira, yo trabajo con un framework de php, laravel.. que te permite justo dividir muy bien la aplicación para poder desarrollarla por módulos.
Lo importante seria hacer un muy buen trabajo inicial, para que luego cuando se tenga que ampliar el proyecto se haga sin problemas, y no se convierta en una de esas aplicaciones difíciles de mantener.
Si gustas puedes hablarme al chat para mas detalles, un saludo.