Hola
Soy Gustavo de Peru.
Tengo experiencia manejando reportes y creando gráficos para un actual cliente.
Tengo una duda: Los reportes del software actual son en formato xls, xlsx o CSV?
Ahora para aumentar la productividad, se podría procesar el archivo excel, cualquiera que sea la extension, y procesar automáticamente lo que actualmente se hace manualmente y mediante javascript mostrar los reportes gráficos.
Para esto habria que montar un pequeño sistema en PHP en donde cargaría el archivo excel con un botón "Procesar" y haría todo el trabajo mostrando las gráficas correspondientes.
A la espera de sus archivos para revisar
Saludos